연결어 앞 내용은 계속 항생제 저항성으로 균들이 항생제에 반응하지 않았다는 내용이고, 이후 연결어 다음에 나오는 문장은 meanwhile이라는 그러는 동안에로 연결해야 한다고 나옵니다. 저는 이걸 앞에서 항생제에 반응하지 않았고, (특히) 내성을 지닌 균 발생이 미국 전역으로 확산되었다

라고 해석이 됩니다. 

especially가 앞에 내용에서 더 세부적으로 추가하는 것인데, 반응을 하지 않은 일반적인 내용이 앞부분에 오고, 뒷문장에서 부가적으로 항생제에 반응하지 않았을 때 미국 전역으로 확산되고 치명적인 병발생을 초래했다고 보면 안 되는 건가요?

meanwhile은 한편, 그러는 동안에로 해석이 되는데 두가지 상황이 일어났다는 의미로 '그러는 동안에'라고 사용되는 것도 이해는 가지만 확실하게 정답이라고 생각이 들지는 않습니다ㅠㅠ